Resumidamente: Você precisará de nós de dispositivos em / dev para que o aplicativo de usuário use o SPI. Não importa se você usa o NodeJS ou um programa em C para acessar esses dispositivos. E sim, /usr/include/linux/spi/ incluirá apenas os typedefs para usar o nó do dispositivo. Isso também será usado pelo pacote NodeJS ou por qualquer outro pacote de usuário.
Os nós de dispositivos em / dev são os drivers do kernel que fazem o acesso ao hardware. Se o seu kernel atual não está configurado para eles, você precisa configurá-lo. No melhor dos casos, basta alterar a árvore de dispositivos . Você pode ter que compilar módulos adicionais (o que pode ser feito, por exemplo, com o DKMS no Debian). Você também pode ter que compilar o kernel completo. Qual desses se aplica depende da sua configuração atual do kernel, sobre a qual você não nos contou nada.
Qualquer caso, você nunca precisará "instalar tudo novamente". Mesmo se você precisar compilar o kernel inteiro, basta instalar o novo kernel e reinicializar.