Ao dar uma olhada em /proc/crypto , descobri que há dois módulos fornecendo sha256: um da Atmel e o genérico:
name : sha256
driver : atmel-sha256
module : kernel
priority : 100
[...]
name : sha256
driver : sha256-generic
module : kernel
priority : 0
Ao desativar o acelerador Atmel SHA hw no kernel, CONFIG_CRYPTO_DEV_ATMEL_SHA=n , ele usará a implementação genérica e tudo funcionará.
Parece que algo mudou do Kernel 4.8.4 para o Kernel 4.14.14 que quebra as coisas. Essa é outra questão ...