Eu tentei e funciona. Meu problema era que a antiga conta local chamada "syncthing" ainda estava lá e causou um conflito de nomes. Depois de remover a conta local, o Systemd usa a conta de domínio e tudo funciona como um encanto.
Do meu ponto de vista, eu também poderia manter o User=%i
no arquivo da unidade, porque ele usa o nome "syncthing" automaticamente.
Isso foi mais fácil do que eu pensava!