Sim, você pode usar o dd ou escrever seu próprio programa e usar a função de busca no arquivo para mover para o deslocamento no qual deseja gravar. Por exemplo, se você quisesse escrever 64 bytes de input.bin a partir do offset 2048, você poderia fazer o seguinte ...
dd if=input.bin of=/sys/bus/i2c/devices/1-0050/eeprom bs=1 count=64 skip=2048 seek=2048
Skip é o deslocamento para o início do arquivo de entrada e seek é o deslocamento para iniciar na saída (eeprom). Contagem é o número de bytes a serem escritos.