O Bumblebee não tem suporte para placas de vídeo AMD no momento (ele procura explicitamente por combinações Intel + Nvidia ou Nvidia + Nvidia). Em teoria, suporte para isso poderia ser adicionado (há um problema aberto aqui ), mas eu não acho que vai acontecer em breve.
Para que as duas cartas funcionem, sugiro pesquisar no link , é o que uso hoje em dia para fazer uso de monitores externos (que estão conectados ao meu Nvidia dGPU). Algumas distribuições usam essa tecnologia automaticamente nos bastidores (acho que o Fedora com o GNOME e talvez o Ubuntu?).