Como você está suspeitando, o caso mais provável de uma VM ser somente leitura seria um disco defeituoso.
O SMART não é a melhor métrica em um disco de nível de consumidor e, de fato, há evidências comprovadas de vários fabricantes no nível do firmware, e a SMART informando que o disco está sempre em boas condições.
No entanto, a partir dos logs, suspeito que você selecionou o thin provisioning para os discos virtuais do Linux e não tem mais espaço livre em disco / espaço SSD para o disco virtual / sistema de arquivos virtual crescer - portanto, o kernel da VM "inconsistente" - como o provisionamento thin apenas aumenta os discos virtuais conforme necessário.
Lembre-se de que, em vários sistemas operacionais, uma parte do disco é geralmente reservada para manutenção, se você estiver com pouco espaço livre na máquina host.
Se esse não for o caso, eu usaria esse disco como indigno de confiança e começaria a pensar em um substituto. Além disso, lembre-se que os discos SSD geralmente falham completamente sem muitos avisos em comparação com os discos mecânicos.