A única solução que encontrei é recodificar tudo usando sox:
sox test.flac test_full.flac --show-progress
Isto irá pegar a gravação completa, decodificá-la e recodificá-la novamente no flac. Altamente ineficiente, mas faz o trabalho. Se houver uma solução melhor que evite o processo de codificação de 10 minutos, sinta-se à vontade para adicionar outra resposta e eu a aceito em seu lugar.