Você não pode alterar facilmente o arquivo que está lendo, mas pode facilmente alterar de qual arquivo o arquivo está lendo ...
> cat file1
123456
> cat file2
abcdef
!/bin/bash
exec 4<>file1
read -n 1 -u 4 input
echo $input
read -n 1 -u 4 input
echo $input
read -n 1 -u 4 input
echo $input
read -p "Press enter to continue" cont
read -n 1 -u 4 input
echo $input
read -n 1 -u 4 input
echo $input
read -n 1 -u 4 input
echo $input
./testscript.sh
1
2
3
Press enter to continue
d
e
f
Esse é o resultado quando você executa cp file2 file1
enquanto o script aguarda sua entrada. Depois de copiar os dados desejados no arquivo, você pode renomeá-lo, mas apenas dentro do sistema de arquivos.
Seu processo de execução não vai parar assim, então você terá que pausá-lo e reiniciá-lo depois que a cópia (e renomeação) terminar com
kill -STOP 12345
kill -CONT 12345
Você pode copiar um arquivo maior em um menor, mas copiar um menor em um maior pode causar efeitos desagradáveis, dependendo da posição atual do descritor de arquivo no arquivo.