O True deve estar em minúsculas. Adicionar esta linha funciona para mim:
NoDisplay=true
Deve funcionar para ~/.local/share/applications/app-name.desktop e /usr/share/applications/app-name.desktop .
Além disso, você pode ocultar a entrada apenas para uma área de trabalho específica adicionando NotShowIn=desktop-name , conforme mencionado no arco wiki .