Hmm, mais ou menos. O diretório de trabalho "lógico" é transportado na variável de ambiente PWD . environ(7) diz que é "definido por alguns shells", portanto, obviamente dependente de aplicativos. Outra questão é se o outro programa lê-lo:
/tmp$ ln -s ~ link
/tmp$ cd link
/tmp/link$ bash -c "pwd"
/tmp/link
/tmp/link$ zsh -c "pwd"
/home/itvirta
/tmp/link$ dash -c "pwd"
/tmp/link
Bash e dash parecem contar, zsh não (no meu sistema, tenho certeza que é configurável).