Você pode fazer isso com a ajuda do operador -draw :
convert in.png -fill none -stroke black -strokewidth ${WIDTH} -draw "rectangle ${X1},${Y1} ${X2},${Y2}" out.png
onde:
WIDTH - largura do traçado
X1 - coordenada x do canto superior esquerdo
Y1 - coordenada y do canto superior esquerdo
X2 - coordenada x do canto inferior direito
Y2 - y coordenada do canto inferior direito
Então, por exemplo para sua outra imagem que você deseja cortar + redimensionar + converter para PDF você pode executar:
convert out.png -resize 2362x1630 -background white -gravity center -extent 2480x1748 \
-fill none -stroke black -strokewidth 10 -draw "rectangle 20,20 2460,1728" out.pdf