Pode ser difícil tentar renomear os diretórios daily.0
remotos para manter a sincronização com a renomeação feita localmente pelo rsnapshot. Isso pode ser necessário para evitar que um rsync de todo o diretório de snapshots, do local para o remoto, precise fazer muito trabalho. Seria muito mais simples ter instantâneos separados gerados independentemente, local e remotamente. Você até ganhará alguma resiliência se os separar a tempo, duplicando efetivamente os instantâneos.
Você não precisa copiar os arquivos locais para o remoto antes de fazer um instantâneo remoto, pois o rsnapshot no remoto pode buscar os arquivos na rede, ou seja, você pode fazer backup localmente de arquivos que são remotos. O rsync é otimizado para reduzir a largura de banda da rede, transferindo apenas as quantidades mínimas de dados necessárias quando um arquivo é alterado, calculando somas de verificação de partes do arquivo local e remotamente.