Sim, é possível. Você pode usar RedirectMatch com o módulo mod_alias do Apache, assim:
<VirtualHost *:80>
ServerName _default_
RedirectMatch 301 ^/(?!subdir...)(.*) http://other.site/
</VirtualHost>
Ou você pode usar o módulo mod_rewrite do Apache e fazer isso:
<VirtualHost *:80>
ServerName _default_
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/subdir...
RewriteRule (.*) http://other.site/ [L,R=301]
</VirtualHost>