Isso não é trivial de se fazer. Existem várias possibilidades descritas em esta questão e suas respostas, mas como @FerencWagner disse, a melhor e mais correta solução é re-empacotar todas as dependências como pacotes debian.
Alguns pacotes python já estão disponíveis como pacotes debian, como jsonpickle:
$ apt-cache search jsonpickle
python-jsonpickle - Python library for serializing object graphs into JSON (Python 2)
python-jsonpickle-doc - Python library for serializing object graphs into JSON (documentation)
python3-jsonpickle - Python library for serializing object graphs into JSON (Python 3)
Então você deve procurá-los primeiro, talvez você não precise fazer nada sozinho.