Se você quiser remover todos os comentários:
awk -v FS='#' '{$2=""}1' file
Se você deseja remover apenas comentários de linha inteira:
awk -v FS='#' '/^ *#/{$2=""}1' file
Se você quiser descomentar uma linha comentada específica:
awk -v FS='#' '/# MyLINE/{OFS="";$1=""}1' file
Se você quiser descomentar todas as linhas comentadas:
awk -v FS='#' '/^#/{OFS="";$1=""}1' file