Tente limpar a unidade com (como root) wipefs --all /dev/sdX . Onde X in sdX é a unidade que você deseja apagar. Seja cuidado para escolher o caminho certo !
Depois disso; Eu sempre uso o comando dd ao gravar em pen drives USB. Assim:
sudo dd if=/home/<user>/Downloads/<debian>.iso of=/dev/sdX bs=4M;
Onde X em sdX é o dispositivo em questão.
Ele irá sobrescrever completamente tudo em sdX , então (novamente!) verifique se você está escrevendo para a unidade correta!
Leia mais sobre dd aqui .