Geralmente é seguro. Isso pode bagunçar as coisas se você tentar instalar pacotes com o apt-get install, já que o apt-get pode sugerir que você remova a maioria dos pacotes amd64 para ser substituído por pacotes i368. A solução é baixar pacotes com apt-get download pkgname e, em seguida, instalá-lo usando dpkg -i pkgname.deb . Pode ser necessário repetir isso para as denendências do pacote que você deseja instalar. Dependendo do sistema, isso pode ser feito mesmo com o Synaptics.
Dependendo do pacote que você tente instalar, o apt-get pode recomendar remover uma grande quantidade de amd64 libs / pkgss / gcc etc. Mas isso não será feito automaticamente. Você será perguntado primeiro, então é preciso ter muito cuidado quando ele pressionar "Sim" nos prompts do apt-get ....