Código PBS para enviar um trabalho no cluster

Question

Estou tentando escrever um código para enviar um trabalho no cluster e estou usando o código anterior de outra pessoa como modelo; Existe alguma maneira alguém poderia explicar cada linha passo a passo para mim? Eu acho que entendo os nós e o tempo de parede desde que eu olhei alguns tutoriais, mas estou tendo problemas para entender as últimas 3 linhas.

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l walltime=96:00:00
#PBS -q python
cd $PBS_O_WORKDIR
perl cal_gerp_crmcre.pl GERP++ CRM_NCR.data  >CRECRM_NCR.gp

    

Answer 1

O primeiro é um shell que usa seu script.

As linhas que começam com #PBS são passadas para o qsub comando. Os dois primeiros ( -l ) especificam os limites de recursos e o -q especifica o destino do trabalho (o nome de uma fila, um servidor ou uma fila em um servidor). Isso parece uma fila chamada python .

As últimas duas linhas são o próprio script. Uma está mudando o diretório de trabalho para o diretório de trabalho atual do comando qsub (de onde você envia o trabalho?). O último é executar o script perl cal_gerp_crmcre.pl , armazenando sua saída em CRECRM_NCR.gp .

Espero que faça sentido para uma visão geral. Todas as informações que usei estão disponíveis na página de manual para qsub , onde você pode encontrar também mais exemplos e opções.