Eu não tenho o Ubuntu 16.04 instalado em nenhum lugar ainda, mas baseado nas tendências atuais dos layouts do sistema Linux, posso fazer uma boa estimativa do que aconteceu aqui.
A antiga distinção entre /bin e /usr/bin e a distinção entre /lib e /usr/lib desapareceram, porque não é mais necessário instalar sistemas em discos tão pequenos que pudéssemos não será possível obter o ambiente completo do usuário. Ou seja, até mesmo uma chave USB descartável é grande o suficiente para a instalação completa do SO, portanto não precisamos mais fazer distinção entre as ferramentas do modo de usuário único que tradicionalmente viviam fora de /usr e tudo o mais, que foi separado /usr em algum lugar.
Como muitos softwares ainda acreditam nessa distinção - por exemplo, nenhum sistema atual do tipo Unix ou Linux tem uma árvore /local ou /share paralela a /usr/local ou /usr/share , então você não pode Livre-se de /usr - a maneira comum de os sistemas operacionais modernos desfocarem essa antiga distinção é instalar tudo em /usr e, em seguida, criar links simbólicos como /usr/bin out para /bin . (Ou vice-versa; não importa).
mv é explodir /usr , que provavelmente foi um link simbólico para o diretório de instalação do sistema operacional consolidado em seu sistema. Isso não apenas substitui /usr/bin e, também, substitui efetivamente /bin .
Em outras palavras, como não havia /usr/local/lib64/bin/bash antes de você entrar com sua "correção" pesada, agora não há mais /usr/bin/bash ou /bin/bash .
Solução: Inicialize sua caixa no modo de recuperação e restaure a árvore /usr para seu estado anterior. Você pode precisar de um sistema Ubuntu 16.04 existente como referência para ver como ele deve ser restaurado.
Quanto ao seu problema original, o comando mv nunca foi uma boa solução. Se você quiser que programas que vivem em /usr/local/lib64 sejam executáveis sem um caminho explícito, adicione-os à variável PATH ~/.bash_profile .
Como você fala sobre um diretório lib , provavelmente não está lidando com executáveis, mas com bibliotecas, caso em que provavelmente precisará incluir uma entrada em /etc/ld.so.conf.d para que o diretório seja incluído no cache da biblioteca global. Veja man ldconfig para detalhes.