assumindo que o arquivo1 tenha $BlankValue="TEST";
e o arquivo2 tenha $BLANKValue='TEST';
e você queira ignorar as diferenças entre maiúsculas e minúsculas, use
diff <(tr 'a-z' 'A-Z' < file1) <(tr "a-z'" "A-Z\"" < file2)
se você não quiser ignorar maiúsculas e ignorar apenas aspas, use
diff file1 <(tr "'" "\"" < file2)