O Geany parece usar o grep nos bastidores para pesquisar nos arquivos e fornece um campo Opções extras: para transmitir argumentos adicionais ao comando grep. Portanto, você pode simplesmente adicionar --exclude='*.aux' na caixa fornecida:
--exclude=GLOB
Skip files whose base name matches GLOB (using wildcard
matching). A file-name glob can use *, ?, and [...] as
wildcards, and \ to quote a wildcard or backslash character
literally.
Veja man grep para opções de uso adicionais.