Os arquivos .*rc no diretório inicial do usuário geralmente servem para fornecer alguns padrões específicos do usuário, enquanto os padrões no nível do sistema geralmente são fornecidos em um arquivo *rc sob /etc para o mesmo aplicativo.
man monit deve dizer-lhe isto:
~/.monitrcDefault run control file
/etc/monitrcIf the control file is not found in the default location and/etccontains amonitrcfile, this file will be used instead.
./monitrcIf the control file is not found in either of the previous two locations, and the current working directory contains a monitrc file, this file is used instead.
No entanto, como você está dizendo que, no seu caso, o arquivo de controle de execução padrão é /etc/monit/monitrc em vez de /etc/monitrc , pode haver outros desvios do que os desenvolvedores escreveram na página man (ou pode ser que a página do manual está desatualizada ou a sua pergunta tem um caminho incorreto para esse arquivo).
No contexto da execução de monit como um serviço, o acima significaria que é padronizado para .monitrc file no diretório home do usuário que o serviço está sendo executado, e se ele não encontrar tal arquivo, usará o padrão em /etc .