Tanto quanto eu posso ver, não há pacote libpopt para o aarch64. Portanto, você pode simplesmente compilá-lo, usando sua cadeia de ferramentas de compilador cruzado e adicionar a biblioteca resultante ao caminho de vinculador já introduzido (ou vice-versa).
As fontes estão em:
http://www.linuxfromscratch.org/blfs/view/svn/general/popt.html