Provavelmente não tão elegante quanto você pode desejar, mas eu usaria wmctrl para isso.
xterm -T mail.log -e tail -f /var/log/mail.log &
until wmctrl -F -r mail.log -e0,<posx>,<posy>,<width>,<height>
do sleep .1s
done
Claro que você pode usar outros aplicativos além do xterm. wmctrl só pode corresponder títulos de janelas ou IDs de janelas. Se você não puder definir o título da sua janela, você terá que encontrar seu ID por grep -ing a saída de wmctrl -lp para o PID relevante.