Existe um projeto de haskell chamado "dotfs" que faz algo parecido com o que você está descrevendo. Isso pode ser extinto, no entanto.
Seria fácil juntar algo em python usando o fusepy. Eu anexei uma essência (baseada na base do fusepy) que faz quase o que você está pedindo, simplesmente executando o conteúdo de cada arquivo através de um bash echo, e expandindo tudo de acordo. Desta forma, você também pode ter entrada dinâmica de outros programas, via $ ().
Se você quiser ajustá-lo, pode mexer nas funções de reescrita na parte superior para fazer uma expansão mais específica (ou mais segura, que pode ser uma boa ideia).