Eu também tive esse problema. No meu caso, descobriu-se que uma alteração de configuração do lado do servidor era necessária, especificamente, em "Admin" - > "Servidor", ative "Permitir impressão da Internet".
Não se sabe bem por que, mas parece que talvez o El Capitan esteja preferindo o IPv6 e o CUPS do lado do servidor está interpretando isso como um acesso "Internet" em vez de uma rede local.HTH!