Esta pergunta foi feita há quase dois anos, mas não há respostas. Então vou postar a solução que encontrei recentemente.
Apague o arquivo após chamando dh_auto_install :
override_dh_auto_install:
dh_auto_install
find ./debian -type f -name "LICENSE" -delete
Ou anule outra diretriz que é chamada depois que os arquivos são preparados, mas antes que o pacote seja construído. Aqui está como eu fiz isso primeiro, substituindo a diretiva dh_md5sums :
override_dh_md5sums:
find ./debian/<package_name> -type f -name "LICENSE.txt" -delete
dh_md5sums
A substituição de outras diretivas dh _ também funcionará.