Você obtém cpb9998hp1outputPDFOUT.pdf como nome do arquivo de anexo porque o especificou. As páginas uuencode man especificam claramente o último parâmetro é o nome da saída. Se você não quiser, forneça o parâmetro correto para uuencode :
OUTPUT=/cpb/9998/hp1/output/
BASENAME=PDFOUT.pdf
ATTFILE="$OUTPUT$BASENAME"
uuencode "$ATTFILE" "$BASENAME" | mail -s "$SUBJECT" "$MAILTO"