Resposta parcial: Não existe realmente uma área de transferência global no X. Como o artigo da wikipedia descreve, duas aplicações têm para se comunicar para copiar e colar. X átomos armazenados na janela raiz descrevem o "proprietário" da seleção principal ou secundária, e o aplicativo que deseja copiar ou colar tem que descobrir o proprietário e se comunicar com ele para executar a colagem real.
Se, após o lançamento de um navegador baseado em webkit, você sempre colar a última coisa que selecionou, isso significa que o webkit estraga o armazenamento de propriedade e impede que os aplicativos o definam.
Você pode usar xtrace para rastrear todos os eventos X e usá-los para comparar um corte e colar "saudável" com o que acontece depois do webkit lauchnes. Ainda não fiz isso, por isso não posso fornecer instruções passo-a-passo.
Também pode ser interessante rodar xclipboard , que deve assumir a propriedade das seleções (novamente veja o artigo da Wikipedia), e ver o que acontece.