O que você quer pode ser feito com chroot ou talvez até mesmo lxc no debian.
EDIT:
Você pode querer usar overlayfs ou squashfs para tornar o que você está fazendo mais rápido (instantâneo). Para isso você precisa do debootstrap e do squashfs-tools.
Com essas ferramentas, você poderá fornecer a seus usuários diferentes versões ou arquiteturas de tempo de execução para escolher. Para isso, você precisa de qemu-user-static
e ChrootDebootstrap
.