Como configurar o PATH para R instalado no meu diretório

Question

Eu gostaria de instalar o "R" no meu diretório no servidor

Aqui está o que tentei seguindo a orientação aqui: Instale o R no meu próprio diretório

wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.2.2.tar.gz
tar xvf R-3.2.2.tar.gz
cd R-3.2.2
mkdir ~/Programme # create a folder called “Programme” for R
./configure --prefix=$HOME/Programme
make && make install

Então, quando tentei definir o PATH para o R:

    vi .bash_profile #create a .bash_profile 

#set PATH so it includes user's private bin if it exists  

    if [ -d "HOME/bin" ];then   
        PATH="$HOME/bin:$PATH"  
    fi  
    PATH="$PATH:$HOME/Programme/bin/"  

mas quando eu uso which R ainda estou usando o R instalado para todo o servidor, em vez do R no meu diretório. o problema é que se eu não pudesse usar meu próprio R, então eu não poderia instalar outros pacotes R.

Alguém poderia resolver esse problema? Muito obrigado.

Eu tentei definir o .bash_profile dessa maneira:

#set PATH so it includes user's private bin if it exists 
if [ -d "$HOME/bin" ];then
    PATH="$HOME/bin:$PATH"
fi
PATH="$HOME/Programme/bin/:$PATH"

mas ainda não conseguiu fazê-lo funcionar. o R no meu diretório pode ser executado:

[myusername@host ~]$ ~/Programme/bin/R

R version 3.2.2 (2015-08-14) -- "Fire Safety"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

    

Answer 1

R está no padrão $PATH , coloque você em primeiro lugar:

 PATH="$HOME/Programme/bin/:$PATH" 

(assumindo $HOME é /user/institute/username )

• não use PATH="$PATH:/user/institute/username/Programme/bin/:$PATH" , isso ainda colocará /usr/bin antes de /user/institute/username/Programme/bin .

você define

if [ -d "HOME/bin" ];then   
    PATH="$HOME/bin:$PATH"  
fi

Isso pode ser útil para qualquer programa que você tenha em $ HOME / bin, mas não para o R.

    

Answer 2

Obrigado a todos! Vocês estão certos, eu deveria colocar o caminho do meu próprio R primeiro.

E lamento ter cometido outro erro.

Eu estava usando shell C!

Eu percebi que quando eu "fonte" o .bash_profile, Eu tenho

"if:Expression Syntax error"

Eu pesquisei, encontrei: link alguém indicou que: "'if: Expression Syntax' não é um erro que o bash lhe daria. Talvez seu shell não seja bash." Então eu chequei meu shell:

"echo $0"

tenho:

"-csh #!!!"

Então eu criei .cshrc:

{setenv PATH $HOME/Programme/bin/:$PATH}

E, em seguida, faça logout e faça login novamente. Problema resolvido!