Como é óbvio que não existe uma maneira "vanilla" para fazer isso, eu criei um pequeno pré-processador chamado i3bang que me permite alcançar isso.
Simplesmente
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Faça o download e configure o i3bang.
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Envolva todos os seus atalhos de teclado no modo padrão da seguinte forma:
!@<+default_keybindings bindsym ... >
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Agora inclua uma referência a essa seção no final do modo em que você gostaria de manter as atalhos de teclado padrão:
mode "skype" { bindsym $mod+!!1..9,0 exec xdotool mousemove 90 !<70+40*!!<0..9>>; \ exec xdotool click 1 ... !@default_keybindings }
Como o i3 (pouco intuitivo) usa a ocorrência primeiro de uma ligação a uma determinada chave se houver várias ligações que usam a mesma chave, colocando a referência a default_keybindings último significa que quaisquer atalhos de teclado conflitantes em seu novo modo substituirão o padrão.
Divulgação completa : no caso de ainda não estar claro, esta é a minha própria ferramenta.