adivinhando por comentários, você parece conseguir fazer isso com um arquivo temporário, por que não criar um pipe nomeado?
mknod magritte p
dentro do seu código php, apenas escreva para magritte.
wkhtmltopdf deve ser executado com
/usr/local/bin/wkhtmltopdf --title "$SUBJECT" -q magritte $OUTPUTFILE
você pode especificar o local com mais precisão.
Ainda adivinhando, wkhtmltopdf é executado dentro do php?
se sim, você precisa rodar como um processo em segundo plano, veja função exec do php
a chamada para exec deve ser feita antes de gravar no pipe.