Eu preciso executar um programa 100 vezes, algumas horas cada, o que é bom quando executá-lo de forma serial, leva muito tempo, mas quando eu tento paralelizá-lo usando o GNU paralelo ou simples '&' no bash, ele trava / congela, eu suspeito de um deadlock, mas eu não escrevi o programa, então não posso depurá-lo.
Eu acho que há pouca chance, mas existe uma maneira, talvez, uma maneira fácil de executar um aplicativo em algum tipo de isolamento ou quarentena de todo o resto no linux? (sem ir para várias virtualboxes: P)
O que este programa está fazendo - você sabe o que está usando (mems compartilhadas, exclusões mútuas, talvez arquivos com o mesmo nome e cada instância sobrescrevendo-o, você pode verificar no diretório tmp). Tentou strace ?
Não saiba a escala do seu problema, mas você pode usar o Docker - link para criar contêineres leves ou dar uma olhada no QubesOs para criar ambientes isolados link ou tente usar este programa no ambiente chrooted
Como KaP diz: dê uma olhada. Você pode iniciar o strace quando ele trava usando -p.
Você pode reproduzir o problema se estiver executando como usuários diferentes (cada usuário executa uma única cópia)?
Se você tiver sorte, o programa só trava quando os programas são iniciados ao mesmo tempo. Se esse for o caso, use '--delay' no GNU Parallel para atrasar o início do próximo trabalho.