Eu tenho outra resposta - sistema de arquivos não corrompido, a permissão de execução no diretório não está definida.
Tente isto: (qualquer linux, mas testado no CentOS 7.3)
cdir=MasterTest/config
mkdir -p $cdir/flue
touch $cdir/flue/goo
chmod 440 $cdir/*
chmod 440 $cdir/$DESC_FILE
ls -alstr $cdir
ls: cannot access MasterTest/config/flue: Permission denied
ls: cannot access MasterTest/config/..: Permission denied
ls: cannot access MasterTest/config/.: Permission denied
total 0
? d????????? ? ? ? ? ? flue
? d????????? ? ? ? ? ? ..
? d????????? ? ? ? ? ? .
Para recuperar:
chmod +x $cdir/
ls -alstr $cdir
total 12
4 drwxr-xr-x 3 me me 4096 May 19 14:25 ..
4 dr-xr-x--x 3 me me 4096 May 19 14:25 .
4 dr--r----- 2 me me 4096 May 19 14:25 flue