Se você criar o novo arquivo de imagem com antecedência (por exemplo, usando qemu-img create -f qcow2 -b <backing file> <new image name>
), poderá montá-lo como um dispositivo de loop, modificar os arquivos, desmontá-lo e iniciar a máquina virtual. A montagem pode ser um pouco complicada às vezes, já que você precisa pular a tabela de partições e coisas do tipo.
Provavelmente mais fácil do que tentar montá-lo você pode usar libguestfs para muitas dessas tarefas ( link ) então provavelmente você pode usar o virt-edit
comando para modificar os arquivos desejados.