Existem limites para o número de argumentos e o comprimento combinado dos argumentos. Estes não são valores uniformes, mas dependem do sistema.
Normalmente, esses problemas são resolvidos com xargs
.
Mas parece-me que você está usando cut
erroneamente. cut
espera que apenas arquivos sejam argumentos. ${BWA_AT}
é uma lista enorme de arquivos? Se é o código Python, então você precisa de algo como
echo "${BWA_AT}" | cut
Se realmente é uma lista de arquivos, então você precisa de algo como
echo "${BWA_AT}" | xargs cut
com as opções necessárias de xargs
, dependendo do separador.