Você pode tentar com o awk:
awk 'FNR == NR { v[$1] = 0; next; } { v[$4]++; } END { for (elem in v) { print elem, v[elem]; } }' File-1 File-2 >outfile
O resultado será:
201503301616|9b8791b3-f860-409f-aad0-24debf834c1b|11.233.18.29.677220869928387637969 1
201503301616|9b8791b3-f860-409f-aad0-24debf834c1b|12.233.18.29.677220869928387637969 2
201503301616|9b8791b3-f860-409f-aad0-24debf834c1b|10.233.18.29.677220869928387637969 2
Mas, novamente, não sei por que você precisa de dois arquivos. Você pode fazer isso com o arquivo 2:
awk '{ v[$4]++; } END { for (elem in v) { print elem, v[elem]; } }' File-2 >outfile
O resultado será o mesmo.