Você provavelmente poderia usar ramificações do git para isso. Defina o seu diretório home em um branch e, em seguida, crie outro branch e configure como deseja este outro "profile". Seria uma questão de mudar de filial e, em seguida, você teria efetivamente um diretório home diferente. Então você provavelmente precisará criar seu ambiente ou executar outro shell de login.
Eu não tentei isso sozinho, mas acho que deve funcionar.