Recebi uma resposta de mtwebster aqui (veja os comentários), que eu sinto é a resposta" certa ":
Confira este arquivo: link
Isso é executado antes do greeter no MDM (se você olhar para o commit recente lá, adicionamos o syndaemon para executar, para desativar o touchpad durante a digitação.
Você deve ser capaz de adicionar um script shell ao / etc / mdm / Init para executar o seu programa - se não, no mínimo você pode adicioná-lo ao script / etc / mdm / Init / Default.