Não tenho certeza se você pode ter uma lista de arquivos na opção de exclusão, mas você pode tentar isso:
$ rsync -avz --exclude delete_file_1.php --exclude dir_1/file4.txt \
directory_source/ directory_destination/
ou você pode:
$ rsync -avz --exclude 'dir_1/dir_2/file_3.php' source/ destination/
ou você pode:
$ rsync -avz --exclude 'dir*' <-- wildcard match here
Se eu fosse você, criaria pastas de teste para serem sincronizadas com o destino remoto e veria como elas funcionam. Contanto que você tenha a opção de exclusão correta, você pode manipulá-la para excluir muitos arquivos.