Normalmente, o Linux não registra quais processos acessam um arquivo (devido ao custo de desempenho e armazenamento). Se tal registro estiver ativo, você poderá procurar o que causou o primeiro acesso.
Não há diferença no arquivo resultante se programas diferentes colocarem o mesmo conteúdo nele. Processos diferentes podem ter diferentes UIDs e diferentes grupos primários, resultando em diferentes propriedades de arquivo.