De man cron (minha ênfase):
Running cron jobs can be allowed or disallowed for different users. For this purpose, use the cron.allow and cron.deny files. If the cron.allow file exists, a user must be listed in it to be allowed to use cron[.] If the cron.allow file does not exist but the cron.deny file does exist, then a user must not be listed in the cron.deny file in order to use cron. If neither of these files exists, only the super user is allowed to use cron.
Estas parecem ser as únicas opções. Em outras palavras, parece que no máximo uma das cron.allow e cron.deny deveria existir, portanto, é provavelmente dependente da implementação. É interessante que o manual diz "use os arquivos cron.docs cron.allow e ," o que parece contrabalançar o resto do parágrafo.