Sim, existe uma maneira de removê-lo.
Eu rapidamente criei um simples addon que faz isso através de um XUL Overlay especificado em seu chrome.manifest . Eu não vejo uma boa maneira de conseguir isso sem um addon ou modificar arquivos.
Detalhes técnicos:
O arquivo original, chrome/messenger/content/messenger/quickFilterBar.xul localizado dentro de omni.ja define o texto com a seguinte tag XUL usando o atributo emptytextbase (na linha 139, para o Thunderbird 24.5.0):
<textbox id="qfb-qs-textbox" flex="1"
type="search"
placeholder=""
emptytextbase="&quickFilterBar.textbox.emptyText.base;"
...
Apenas para referência: &quickFilterBar.textbox.emptyText.base; está definido em chrome/<lang>/locale/<lang>/messenger/quickFilterBar.dtd , também localizado dentro de omni.ja .
A XUL Overlay dentro do meu addon muda o texto para uma string vazia com a seguinte linha:
<textbox id="qfb-qs-textbox" emptytextbase=""></textbox>