O problema estava relacionado à maneira como o compartilhamento foi montado (GVFS), como sugerido por Gilles. Para que minha pasta de rede funcione "corretamente", eu tive que instalar o cifs-utils
sudo apt-get install cifs-utils
e
mount -t cifs -o domain=mydomain,uid=myuid,forceuid,gid=mygid,forcegid //server/share /shared