parece com o Linux Mint 15 O Olivia usa os sistemas de arquivos aufs e / ou unionfs.
Eu não usei o Linux Mint, mas o Puppy Linux usa aufs e o comportamento que você descreve é indicativo de um sistema de arquivos multi-camadas como o aufs.
A resposta curta é que, quando você exclui arquivos que fazem parte da distribuição original, eles não são realmente excluídos, mas desaparecem das listagens de arquivos. Se você salvar suas alterações no sistema de arquivos durante o desligamento, elas serão preservadas para quando você iniciar novamente. Se você não fizer isso, sua reinicialização / reinicialização criará os arquivos originais. Todas as alterações são perdidas.
Os detalhes ... Unionfs e Aufs melhora a confiabilidade estruturando o sistema de arquivos em múltiplas camadas. Isso é análogo às sobreposições gráficas, como são vistas no Google Maps e em outros sistemas GIS. O sistema de arquivos, como distribuído, é a camada inferior e é mantido somente para leitura, assim você sempre pode reverter para ele, se necessário.
As adições / alterações subsequentes são armazenadas em uma ou mais camadas superiores. Deleções de arquivos da camada inferior não são realmente deletadas. Puppy (e talvez Mint) cria um arquivo "whiteout" oculto na camada superior gravável que oculta o arquivo "excluído" na camada inferior.
Toda essa magia só é possível porque a inicialização coloca as camadas do sistema de arquivos, no todo ou em parte, na RAM em vez de no disco. Você provavelmente pode ver as camadas procurando no diretório usado para inicializar o disco virtual ( /initrd no PuppyLinux).
CUIDADO
Se você fosse excluir arquivos de dentro de seu equivalente a /initrd em vez de dentro dos diretórios usuais, você provavelmente estragaria as camadas e, como eles dizem, "os resultados seriam imprevisíveis".