Você não pode usar fdisk em discos maiores que 2TB. Essa é uma limitação dos discos formatados no estilo MBR. Você precisa usar o GPT - Tabela de particionamento GUID.
Dê uma olhada no wiki do Arch Linux sobre o tema: Tabela de Partição GUID , para mais informações. Também achei este artigo útil para explicar as diferenças entre os dois formatos, intitulado: Windows Discos GPT - O tamanho é realmente melhor? .
Quais ferramentas então?
Normalmente você usará sgdisk para fazer o particionamento de discos GPT. Você pode ler mais sobre essa ferramenta aqui na página principal do projeto .
Agradecemos também a um dos comentários de @ ewhacs , aparentemente você pode converter MBR em GPT usando sgdisk também. Está coberto nesta página intitulado: Convertendo para ou da GPT .
trecho
One of the more unusual features of gdisk is its ability to read an MBR partition table or BSD disklabel and convert it to GPT format without damaging the contents of the partitions on the disk. This feature exists to enable upgrading to GPT in case the limitations of MBRs or BSD disklabels become too onerous—for instance, if you want to add more OSes to a multi-boot configuration, but the OSes you want to add require too many primary partitions to fit on an MBR disk. (Unfortunately, though, many such OSes can't handle GPT.) I've heard from one user who used this ability to fix an over-2TiB RAID array that had been inappropriately partitioned with MBR. The BSD disklabel support can help simplify and extend a BSD partitioning scheme by removing the need to keep an MBR partition containing a BSD disklabel on the disk of a multi-boot computer.
In addition to converting to GPT format, GPT fdisk supports converting from GPT format to MBR format. This feature, though, comes with some caveats: Depending on how the disk was originally partitioned, it may not be possible to convert all the original partitions. Even if converting all the partitions is possible, there may be restrictions on which partitions can be turned into logical partitions, which may in turn result in some odd or undesirable assignments to primary vs. logical partitions in the final MBR partition table.
Note that the details of how to convert a disk, as well as the problems of a conversion, vary with the conversion type. You should read the appropriate section of this page to learn details. If you want to convert an MBR disk with a BSD disklabel partition, you'll have to perform both conversions.
No entanto, eu faria duplamente certo ler esta documentação antes de tentar algo como isto. Você pode até querer configurar um HDD formatado com MBR antes e passar pelo processo para que você esteja o mais familiarizado possível, antes de tentar com dados ao vivo!