Acho que você poderia remover a configuração manualmente. Quais arquivos? Você pode verificar pelo seguinte comando:
# dpkg -L package
Lista todos os arquivos instalados por este pacote. Então você tem que reinstalar o pacote e criar novos arquivos de configuração. Para fazer isso, use isso:
# aptitude -o DPkg::Options::=--force-confmiss reinstall package
Você também pode definir isso como um comportamento padrão em /etc/dpkg/dpkg.cfg
- basta copiar a seguinte linha para o arquivo:
force-confmiss