Obrigado @Dubu Eu não sabia que a bandeira existia. Aqui está um exemplo:
$ ls -R src ; ls -R dst
src:
a b c empty_dir sub_dir
src/empty_dir:
src/sub_dir:
e f
dst:
a c sub_dir
dst/sub_dir:
f
$ rsync --recursive --existing --verbose src/ dst
sending incremental file list
a
c
sub_dir/f
sent 262 bytes received 71 bytes 666.00 bytes/sec