Execute dconf-editor
e abra:
org - > gnome - > área de trabalho - > interface
Ativar "pode alterar os níveis".
Abra nautilus
, selecione qualquer arquivo / diretório, clique em "Editar" na barra de menu e passe o mouse sobre o item de menu "Mover para a lixeira". Ao passar o mouse, clique na sua chave de exclusão. A aceleração deve mudar de "ctrl + del" para "del".
Verifique se você selecionou um arquivo, caso contrário, o item de menu "Mover para a lixeira" ficará esmaecido.
OBSERVAÇÃO: sugiro que você desative "pode alterar os níveis" posteriormente, para evitar alterações acidentais.
Se o acima não funcionar, dê uma olhada neste artigo wiki do archlinux sobre como alterar suas teclas de atalho no Gnome 3.x. Este artigo tem etapas específicas para algumas versões do Nautilus.